Научный отдел — структурное подразделение, осуществляющее руководство научно-исследовательской работой университета и подготовкой докторантов и аспирантов и объединяющее деятельность кафедр университета, Научно-планового совета, отдела аспирантуры и докторантуры, патентно-лицензионного отдела, диссертационных советов, студенческого научного общества, центральной научно-исследовательской лаборатории, проблемных комиссий.

1. Осуществлять контроль за эффективность использования научного потенциала ВУЗа для решения научных и научно-практических проблем;
2. Обеспечивать управление процессом подготовки научных кадров;
3. Оказывать содействие повышению качества подготовки специалистов путем активного использования научных исследований в учебном процессе, широкого привлечения студентов к их выполнению;
4. Оказывать содействие внедрению в практическое здравоохранение результатов научных исследований и разработок университета;
5. Оказывать научно-методическое содействие выполнению исследовательских работ;
6. Способствовать решению важнейших научных проблем дальнейшего развития высшего образования.

Основные задачи и функции патентной службы:

• научное, методическое и организационное обеспечение мероприятий ректора по повышению эффективности научно-исследовательских работ университета;
• изучение выполняемых в университете научно-исследовательских работ с целью выявления в них признаков возможных изобретений, а при наличии — организация их правовой защиты;
•  принятие мер по предотвращению преждевременного разглашения сущности научно-технических достижений университета, которые могут быть признаны впоследствии изобретениями или открытиями;
• организация и выполнение работы по проведению патентных исследований научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, в частности:
• учет всех научно-исследовательских работ, состав технической документации, входящих в отчет о патентных исследованиях, совместно с научными работниками определение этапов, на которых должны проводиться патентные исследования, рекомендации соответствующей методики проведения этой работы для каждой конкретной темы или разработки и оказание методической помощи разработчикам и ее проведении;
• проведение различных видов маркетинговых исследований: определение требований к продукции конкретного вида, анализ рынка продукции, оценка коммерческой значимости изобретений и т. д.;
• переподготовка руководящих работников, обучение научных сотрудников и студентов вопросам, связанным с патентным законодательством, научить их владеть интеллектуальным продуктом, как собственностью, распоряжаться им как имуществом, извлекая доход от использования;
• организация работы в университете по подготовке рекомендаций на патентование изобретений и продажу на них лицензий, организация подписки на патентную документацию.

• Эффективно использовать научный потенциал университета для решения научных и научно-практических проблем.
• Планировать и контролировать выполнение научных исследований в университете, в том числе докторских и кандидатских диссертаций.
• Осуществлять активное использование научных исследований в учебном процессе.
• Способствовать внедрению результатов научных исследований в практическом здравоохранении, органах и учреждениях образования, юриспруденции, экономики и менеджмента.
• Активно привлекать студентов к выполнению научных исследований.
• Способствовать выполнению исследовательских работ научно-методического характера.

Задачи центральной научно-исследовательской лаборатории (ЦНИЛ):

• организация и проведение силами штатных сотрудников ЦНИЛ фундаментальных научных исследований и разработка общетеоретических проблем в рамках научных направлений, утвержденных Советом университета;
• освоение новых технологий, исследование, разработка и внедрение в практику новых методических приемов в экспериментальной и клинической медицине;
• разработка и реализация отдельных региональных научно-технических программ, решающих социально-экономические задачи региона;
• создание необходимых условий для ведения экспериментальной работы профессорско-преподавательскому составу, аспирантам, соискателям и студентам;
• оказание консультативной и технической помощи, обучение методикам, организация рабочего места сотрудникам университета, проводящим научно-исследовательскую работу;
• развитие новых прогрессивных форм научно-технического сотрудничества с научными, проектно-конструкторскими, технологическими организациями, организациями практического здравоохранения и промышленными предприятиями с целью создания новых медицинских технологий и элективного использования университетских разработок в производстве;
• выполнение на хоздоговорной основе научно-исследовательских работ по заказам отраслей народного хозяйства с целью решения социальных и экологических задач.

Задачи Диссертационных советов:

1. обеспечение качественной экспертизы диссертационных материалов на этапе предварительного рассмотрения;
2. обеспечение подготовки диссертационных материалов к официальной защите;
3. обеспечение подготовки и проведение защиты диссертаций в диссертационных советах;
4. обеспечение своевременной и качественной подготовки диссертационных материалов и представление их в Федеральную службу по надзору в сфере образования и науки.